Die Schlacht um die Erde ist vorbei - um das Universum hat sie gerade erst begonnen. Auf Cybertron übernimmt Starscream das Kommando über die Decepticons und plant eine Invasion auf der Erde. Während Sam Witwicky und die Autobots noch an den Frieden glauben, hat Skorpinox die Überreste von Megatron aus den Händen des US-Militärs gestohlen und ihn wiederbelebt.
