Als Megaminds ehemaliges Schurkenteam, das Doom Syndicate, zurückkehrt, muss der frisch gekrönte blaue Held den bösen Schein wahren, bis er seine Freunde Roxanne, Chum und Keiko zusammenrufen kann, um seine alten Teamkollegen davon abzuhalten, Metro City zum Mond zu bringen.