Snake Eyes wird in den japanischen Arashikage-Clan aufgenommen. Dort lehrt man ihn die Kunst der Ninja und bietet ihm gleichzeitig, wonach er sich schon immer gesehnt hat: Ein Zuhause. Doch dann werden Geheimnisse aus seiner Vergangenheit enthüllt: Snake Eyes' Ehre und Loyalität werden auf die Probe gestellt und er läuft Gefahr, das Vertrauen derer zu verlieren, die ihm am nächsten stehen.