Nachdem einige seiner Freunde bei einem Überfall der WCKD-Truppen gefangen genommen wurden, führt Thomas die Gruppe aus flüchtigen Auserwählten auf ihrer letzten Mission an. Um ihre Freunde zu retten, müssen sie in die legendäre "Letzte Stadt" einbrechen, ein von WCKD kontrolliertes Labyrinth, das als das Tödlichste von allen gilt...